Si chiamava Tecuichpo Ixcaxochitzin, ed era uno dei tanti figli dell'imperatore azteco Moctezuma II. Tecuichpo era nata in una data sconosciuta verso il 1509, e dei suoi primi anni di vita non si sa nulla. È entrata nella storia nell'estate 1520, quando i militari spagnoli si sono scontrati con gli Aztechi.
In quel contesto venne data in sposa a suo zio, Cuitlahuac, che pochi mesi dopo morì di vaiolo. Tecuichpo si risposò, questa volta con il cugino di Moctezuma, Cuauhtémoc, che sarebbe stato l'ultimo imperatore azteco. Nel 1526, rimasta nuovamente vedova, Tecuichpo si convertì al cristianesimo. Adottò il nome di Isabel, ma mantenne il cognome, Moctezuma, per non dimenticare le sue origini.
All'epoca, Hernán Cortés, che a quanto pare aveva promesso a suo padre di proteggere la principessa azteca, cercò un nuovo marito per Isabel, Alonso de Grado. Come dote, Cortés le diede l'estesa encomienda di Tlacopan. Come se colpita da una maledizione, Isabel vide ancora una volta morire suo marito.
Fu allora che subì uno degli episodi più tristi della sua vita, dopo la scomparsa di suo padre. Hernán Cortés abusò di lei, e il frutto di quella relazione fu una bambina, Leonor, che Isabel non volle mai riconoscere. Si sposò poi con un altro uomo scelto da Cortés, Pedro Gallego de Andrade, con il quale ebbe un figlio. E rimase nuovamente vedova.
Il successivo e ultimo marito venne scelto dalla stessa Isabel. Juan Cano de Saavedra diede a Isabel la pace che desiderava da tanto tempo. Ebbero sei figli, tra cui spiccano Isabel e Catalina, che abbracciarono la vita religiosa e promossero la fondazione del convento della Concezione di Città del Messico, il più antico della città. La stessa Isabel de Moctezuma promosse la creazione di un convento agostiniano, sempre a Città del Messico.
Prima di morire, nell'estate 1550, Isabel de Moctezuma fece testamento. Nel documento che attesta le sue ultime volontà, ordinava la liberazione degli indios della sua encomienda. Ordinava poi la celebrazione di Messe e che parte dei suoi beni venissero destinati a opere di carità.
In una delle cronache dell'epoca, si sottolinea l'affetto che Isabel e Juan si guadagnarono sia tra gli Spagnoli che tra i Messicani. “Doña Isabel... se fosse stata allevata nella nostra Spagna, non sarebbe più istruita e colta e cattolica e con una tale capacità di conversazione e cultura artistica... e non è poco utile e utile alla quiete e contentamento degli abitanti, perché... per il suo rispetto e il suo esempio si imprime la tranquillità nell'animo dei Messicani”.